De flesta grekiska flygplatserna i guiden ligger på öar, och många har nästan bara trafik på sommaren. Den som reser på charter landar oftast direkt på ön och har transfer till hotellet i paketet. Bussutbudet från de mindre öflygplatserna är dessutom ofta begränsat.
Kreta har två ingångar. Heraklion ligger 5 km från stan och är störst, med Knossos och norra kustens badorter nära. Chania på Akrotirihalvön är lugnare och närmare Balos, Elafonissi och Samariaravinen. I Dodekaneserna dominerar Rhodos, där KTEL-bussen följer västkusten till Rhodos stad, och Kos har en egen flygplats mitt på ön. På västsidan är Korfu den mest stadsnära med 3 km in till Kerkyra, medan Zakynthos och Kefalonia betjänar sina egna öar. Ska du till Parga eller Lefkada är det Preveza (Aktion) på fastlandet som gäller.
Kykladerna är svårare. Mykonos, Paros och Santorini tar emot inrikesflyg från Aten och har sin internationella trafik framför allt på sommaren, och många kombinerar flyg med färja mellan öarna. Då blir Atens flygplats bytespunkten. Den ligger 33 km från centrum, med metrolinje 3 in till Syntagma, och är bas för Aegean Airlines. Kommer du från Sverige blir det ingen passkontroll vid bytet, eftersom både Sverige och Grekland ingår i Schengen. På fastlandet i norr är Thessaloniki porten till Halkidiki, Olympos och Meteora, och Kavala ligger närmast färjan till Thassos.
