Tokyo har två flygplatser, och skillnaden i avstånd är stor. Haneda ligger omkring 15 km söder om centrala Tokyo och är landets mest trafikerade, medan Narita i Chiba ligger omkring 60 km öster om centrum och kräver mer planering för vägen in. Titta därför på vilken av dem biljetten gäller innan du bokar hotell. Osaka har en liknande uppdelning: de internationella linjerna går främst till Kansai på en konstgjord ö i Osakabukten, där JR:s Haruka går mot Kyoto och Nankais Rapi:t mot Namba, medan stadsnära Itami i huvudsak har inrikestrafik.
Utanför storstäderna styr ön valet. Hokkaido och skidorterna Niseko och Rusutsu nås via New Chitose, omkring 50 km från Sapporo. På Kyushu ligger Fukuoka så nära staden att tunnelbanan når Hakata på ungefär fem minuter. Centrala Japan betjänas av Chubu Centrair utanför Nagoya, och för stränder och korallrev längst söderut är Naha på Okinawa porten. Till Hiroshima är det omkring 50 km från flygplatsen, med limousinebuss in till centrum.
Svenskar reser visumfritt som turister i upp till 90 dagar, och vid ankomsten tas foto och fingeravtryck. Den som registrerar sig i Visit Japan Web i förväg kan få snabbare klarering. Japan ligger åtta timmar före svensk vintertid och sju före sommartid, och det är vänstertrafik.
